WotaKoi bercerita tentang kisah sepasang pekerja antara Nifuji Hirotaka dan Momose Narumi yang diselingi bermacam-macam komedi romantis. Walaupun begitu, masing-masing dari mereka menyembunyikan sebuah rahasia. Nifuji Hirotaka seorang pria tampan dan handal walaupun ia yang sebenarnya merupakan seorang otaku, dan Momose Narumi wanita cantik yang aslinya merupakan seorang Fujoshi.