Tiga puluh tahun telah berlalu sejak dunia hampir saja berada di ambang kehancuran karena perbuatan makhluk asing. Sejak itu, manusia mulai melakukan berbagai cara agar mereka bisa merebut kembali wilayah kekuasaan yang telah jatuh ke musuh. Untuk memudahkan langkah mereka, sebuah organisasi bernama EXCEEDS dibentuk untuk mengalahkan makhluk asing tersebut. Di dalam organisasi tersebut, ada seorang gadis bernama Shiina Kuze. Ia merupakan wanita yang hanya ingin hidup dalam ketenangan bersama sang adik yakni Setsuna. Namun, suatu hari ia didatangi sebuah insiden yang pada akhirnya akan mengubah kehidupan Shiina. Mampukah ia mengatasi hal tersebut?