JoJo's Bizarre Adventure: Stone Ocean bercerita tentang Jolyne Cujoh, putri Jotaro Kujo, yang dijebak dalam kasus pembunuhan dan dipenjara di Green Dolphin St. Prison, Florida. Di sana, ia dibantu oleh teman-teman barunya seperti Ermes Costello, Emporio Alnino, Narciso Anasui, dan Weather Report untuk melawan Enrico Pucci, pengikut Dio, yang ingin mencuri Stand dan ingatan Jotaro untuk menjalankan rencana 'mencapai surga' (Heaven). Jolyne harus berjuang untuk membebaskan ayahnya, melarikan diri dari penjara, dan menghentikan rencana Pucci yang bertujuan mengatur ulang alam semesta.