Fate/Grand Order: Babylonia bercerita tentang Ritsuka Fujimaru dan Mash Kyrielight yang melakukan perjalanan ke Mesopotamia kuno (2655 SM) untuk memperbaiki Singularitas keenam, sebuah distorsi sejarah di mana dewa-dewa kuno dan iblis mengancam umat manusia, melindungi benteng Uruk yang dipimpin oleh Raja Gilgamesh, dalam pertempuran epik melawan kekuatan jahat untuk menyelamatkan masa depan manusia.