Clannad: After Story merupakan season ke-2 dan kelanjutan langsung dari Anime Clannad. Sekarang Okazaki Tomoya telah lulus dari SMA dan kini telah menjalin hubungan yang lebih erat dengan Nagisa,  sayangnya Nagisa sendiri harus mengulang 1 tahun lagi karena sakitnya. Setelah lulus Tomoya bekerja di toko keluarga Nagisa namun sekarang ia berganti profesi menjadi tukang service perbaikan lampu jalan. Sekarang mereka telah hidup membentuk sebuah keluarga baru dan menjalin hubungan suami istri yang bahkan telah dikaruniai 1 malaikat kecilnya (anak). Walaupun begitu banyak sekali rintangan dan hambatan yang menghadapi mereka. Bagaimanakah kisah hidup mereka selanjutnya?